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在新建本科院校中,科研两级管理模式正处于探索阶段,旧的科研管理模式正在打破,新的科研管理模式尚未建立,在此过渡阶段存在着一级管理不到位,二级管理脱节的现象。新建本科院校两级科研管理机构应厘清相应职能,建立以目标管理为核心的集引导、激励与监督于一体的科研管理机制,加强衔接,更新理念,真正实现绩效目标。