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动物消化道内存在大量的微生物,每克肠道内容物中大约含1×1010个以上微生物,它们大部分与机体细胞亲密接触,对于促进机体物质能量交换、信息传递、宿主营养、免疫及促生长方面起到非常重要的作用。在与其宿主的长期生物进化的过程中形成一个相互依赖、相互制约、协调发展的生态系统,是动物肠道生态系统的组成成员,其他包括肠道上皮细胞及食源性非生物成分、以及来自胃、肝和胰的分泌物（如激素、酶类、黏液和胆酸盐。