【摘 要】
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目的 对斑马鱼Hepcidin-2基因结构进行生物信息学分析,并设计优化其抗菌活性.方法 选取斑马鱼Hepcidin-2作为目的基因,通过Tblastn进行多序列同源性比对得到Hepcidin基因家族的核苷酸和氨基酸序列,利用生物信息学方法分析其进化关系、理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构等;收集和筛选多个物种的Hepcidin序列152条,计算成熟肽各个位置最大频率的氨基酸,得到序列模板,并对序列模板进行预测.结果 抗菌肽(antimicrobial peptide,AMP)活性中心空间结构
【机 构】
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重庆科技学院化学化工学院,重庆401331;重庆科技学院化学化工学院,重庆401331;工业发酵微生物重庆市重点实验室,重庆401331
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目的 对斑马鱼Hepcidin-2基因结构进行生物信息学分析,并设计优化其抗菌活性.方法 选取斑马鱼Hepcidin-2作为目的基因,通过Tblastn进行多序列同源性比对得到Hepcidin基因家族的核苷酸和氨基酸序列,利用生物信息学方法分析其进化关系、理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构等;收集和筛选多个物种的Hepcidin序列152条,计算成熟肽各个位置最大频率的氨基酸,得到序列模板,并对序列模板进行预测.结果 抗菌肽(antimicrobial peptide,AMP)活性中心空间结构高度保守,C-末端及信号肽区域形成跨膜螺旋结构,成熟肽部分存在β-折叠,得到的序列模板预测具有抗真菌活性,对肺炎克雷伯菌有抗菌活性,对人红细胞有溶血活性.结论 建立了序列模板法优化AMP序列和预测其抗菌活性的技术路线,为改造天然AMP,扩大其在临床和生产中的应用提供了理论支持和技术支撑.
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