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分离出具有荧光活性的变藻蓝蛋白的两种亚基α、β，这两种亚基的分子量分别为１７６００和１８０００。在高浓度的脲、β－巯基乙醇和低ｐＨ值（５．０）的条件下蛋白发生变性，没有荧光，复性后，最大吸收峰分别在６１０ｎｍ和６１６ｎｍ，荧光发射峰分别位于６４０ｎｍ和６４３．９ｎｍ。α亚基的荧光强度比β亚基的高得多，二者的荧光量子产率分别为０．６０和０．２６，荧光寿命相差的也很大，α亚基的荧光寿命为１．４ｎｓ而β