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水飞蓟果仁含粗脂肪２５０５％，其脂肪酸主要为不饱和油酸（４７４６％）和亚油酸（３１７９％）。脱脂粉蛋白含量为１９５８％，高于一般谷物。其中以清蛋白含量最多，占总蛋白的６２６０％。氨基酸组成与禾谷类作物有较好的互补性。水飞蓟蛋白质以中、低分子量为主。由于富含酸性氨基酸，蛋白质等电点主要分布在中性偏酸范围内。