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企业自主创新的理论基础主要包括技术创新理论、自主创新理论、竞争优势理论与全面创新管理理论;自主创新理论是企业自主创新能力的核心理论;自主创新的三种主要模式(原始创新、集成创新和引进、消化吸收再创新)对研究企业自主创新能力的创新形式具有重要的借鉴意义。竞争优势理论提出的四个基本要素和两个重要变量,是研究企业自主创新外部环境的主要理论依据。