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南山坑矿区矿化类型众多，矿床成因复杂，目前在矿区己发现矽卡岩型、花岗岩型（云英岩型）和石英脉型钨多金属矿体。根据目前取得的成果，初步认为成矿物质主要来自燕山早期第二、三阶段的含矿花岗岩体，该矿床为矽卡岩型、花岗岩型和石英脉型共生的复合型钨锡多金属矿床，南山坑花岗岩型钨锡多金属矿是岩浆分异作用形成，矿体即为复式岩体中的含矿岩体（即“体中体”），矽卡岩型、石英脉型钨锡、钨钼多金属矿属岩浆晚期汽化热液作用结果。