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科学的自主性是科学发展规律最重要、最突出的表现，是科学赖以生存和发展的根本。当代科学作为一种社会建制，科学体制既是科学自主运行的基本前提，同时又构成了对它的控制。随着科学的发展日益与社会的政治、经济目标紧密地结合在一起，科学的自主性具体体现为科学内部的自治、政府计划体制和市场体制分别对于科学研究的意义、科研过程管理和科学评价等几个层面。