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人和动物的肠道内定植着数量众多的微生物,它们对宿主正常生理功能至关重要。肠道菌群与宿主不断地进行相互作用,形成互利共生的关系,影响机体健康。病毒感染会通过影响肠道菌群进而影响机体的免疫和代谢功能。肠道菌群或益生菌也会影响病毒的感染和疫苗的免疫效果。了解病毒与肠道菌群或益生菌的相互作用及肠道菌群对疫苗免疫效果的影响,有助于揭示疾病的发病机制,通过调控肠道菌群来治疗疾病。现主要从病毒与肠道菌群的相互作用,益生菌对病毒感染的影响和肠道菌群对疫苗免疫效果的影响三方面进行综述。