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张曙光将中国科学院拖入了舆论漩涡。
2007年和2009年，原铁道部运输局局长、副总工程师张曙光两次参选中国科学院（下称中科院）院士。在2013年9月10日的庭审中，张承认有2300万元的涉案资金与参选院士相关，这占其4755万元受贿金额的近一半，结果是他距当选院士仅一票之差。
对此，中科院学部工作局回应称，在张曙光参选过程中，中科院未曾收到与张“花钱参评”的相关投诉。如查实哪位院士有受贿等违法行为，除其本人承担相应的法律责任外，中科院将按照院士章程的规定和程序严肃处理，绝不姑息，欢迎社会监督。
然而，这一声明并未平息质疑：2300万元巨款，到底送给了谁？
张曙光揭开了院士增选过程中可能存在的暗箱操作，亦暴露出院士制度不完善之处，院士评审被行政权力和其他利益左右，缺乏学术独立性。
庭审材料显示，张曙光参选院士的活动资金来自三个人：今创集团股份有限公司总裁戈建鸣的800万元，武汉正远铁路电气有限公司法定代表人王建新的1000万元，以及北京博得交通设备有限公司（下称博得公司）法定代表人陈丙玉的500万元。
2006年，张曙光开始筹备参选2007年院士。中国科学院、中国工程院的院士增选皆为每两年一次。其中，中科院院士每次增选总名额不超过60名。
张曙光1982年毕业于原兰州铁道学院车辆专业，毕业后在车辆段搞车辆维修工作，后在原铁道部做车辆运用的技术管理工作。中国工程院院士王梦恕告诉《财经》记者，张曙光的履历说明他没有做过理论和技术研究，而是从管理岗位上来的，无论是中国工程院还是中科院，他都不具备申报院士的条件。
院士评选标准并非含混不清。《中国科学院院士章程》第四条规定了院士的标准和条件，即在科学技术领域做出系统的、创造性的成就和重大贡献，热爱祖国，学风正派。
退一步言，张曙光的专业属于工程技术领域，更适合参选中国工程院院士，而非专注于基础理论研究的中科院院士。
张曙光之所以跨界参选，可能是因为中国工程院院士的路早被堵上了。据王梦恕透露，由于原铁道部部长刘志军力推引进国外技术的高铁发展路线，国内自主研发的高铁技术受到排挤，多名中国工程院院士对此不满，这让负责高铁技术引进的张曙光不敢试水中国工程院。
2006年前后，戈建鸣得知张参选中科院院士消息后，问“需要多少（钱）”，张说，“你给我准备200万”。戈建鸣承袭父业掌管今创集团，其父俞金坤与张曙光是旧相识，有将近20年的交情。张曙光曾在技术上给对方帮过忙，但“从来没有拿过他的一分钱”。
约一两天后，戈建鸣驾车来京，邀请张曙光到京都信苑酒店吃饭。饭毕，两人走到停车场，戈建鸣从后备箱拿出一个黑色拉杆箱给张曙光。
回家后，张打开箱子看到里面是200万元。
不过，200万元大部分并未用于评选。据张曙光供述，箱子在家里二楼的写字台后面放了一段时间。后来，他将其中的七八十万元转移到保险箱里，陆续和情妇罗某一起花了；还给罗某一部分钱用于购房；余下的六七十万元陆续让其妹夫王勇拿走存起来。
2007年3月，张曙光正式报名参选中科院院士。院士候选人来自两种途径，院士直接推荐候选人，或者国内科学技术研究机构、高等院校和中国科协所属一级学会推荐候选人。不受理本人申请。
与社会上的普通选举不同，中国科学院和中国工程院的院士增选要经过同行评议，需要对其学术成绩作出被普遍认可的评价。其增选程序相对严谨。
张曙光想花钱做工作。他打电话告诉戈建鸣需要用钱，戈建鸣问，“五个够不够”，张说，“两三个就够了”。过了几天，戈建鸣将300万元交给张曙光。
增选初始，各学部常委会将本学部院士按专业划分为若干评审组，其中每个评审组不少于15人，同时将本学部的有效候选人亦相应分组。以通信方式评审，产生初步候选人。各学部常委会需确定初步候选人的主审小组，主审小组一般为三人，对初步候选人系统性、创造性的成就和重大贡献等提出评价意见，对初步候选人的学风、提供材料的准确性等提出审查意见。之后是会议评审，产生正式候选人。
2007年3月，铁道部邀请时任清华大学校长顾秉林和数十位院士、教授参加胶济线试车，张曙光陪同。行程中，清华大学教授、中科院院士卢强提出加强高铁列车空气动力学研究的设想，张曙光表示赞同。一回北京，卢强立即起草高铁空气动力学特性研究大纲，两天后送到张曙光手里；只过了两天，卢强就收到铁道部的立项课题书；再两天后，课题正式立项。
这样的立项速度实属罕见。原铁道部科技司司长、副总工程师周民告诉《财经》记者，铁道部的科研立项属于科学技术司的职责，课题立项最快的也要一两个月，而且项目设立是有计划性的，单独批复项目很少见。
此外，卢强是自动控制和电力系统专家，其承担的科研项目大多是电力系统领域，而这项课题则基于空气动力学领域的研究。王梦恕认为这两个研究领域差别很大。
2007年8月，中国科学院公布院 士增选初步候选人名单，张曙光通过了这一轮评审打分。
至选举最后阶段，学部常委会组织本学部院士对本学部的候选人进行无记名投票选举，根据票数多少依次入选。 2007年11月，张曙光以7票差距落选。他觉得是自己的准备还不够，但戈建鸣认为是“钱没花到位”。
张曙光两次参选中科院技术科学部的院士，都进入了最终选举阶段，折戟于无记名投票环节。
当2009年再次参选院士时，第二位“赞助人”也出现了。武汉正远铁路电气有限公司法定代表人王建新与张是20多年的朋友，都是做技术出身。王建新曾对张曙光表示，愿意提供赞助费，用这些经费去给中科院院士开展横向的科研课题，这可以让更多的院士进一步认识张曙光和中国高铁，对张参选院士会有帮助。 2008年七八月份，张曙光告诉王建新，他要第二次参选中科院院士，需要组织科研成果，让院士们了解他的成果，“需要一部分费用”。王建新很快就给张送去500万元。张曙光称，对于自己参评院士，王建新“比我的积极性还要高，他恨不得一天就能让我做起来”。2009年元旦刚过，戈建鸣也给张送来300万元的运作资金。
由于考虑到“当时正在参评院士，的确需要一些花费”，张曙光虽然认为其产品达不到标准，还是接受了博得公司法定代表人陈丙玉500万元的贿款。博得公司生产电控气动车门，希望能在高铁项目的招投标中获得照顾，但未果。
此次评选张曙光志在必得。除了收受比第一次更多的运作资金，此时他已经出了几本著作。据媒体报道，张曙光组织原铁道部、南车集团四方股份公司、北京交通大学、铁道科学研究院、同济大学、西南交通大学等单位的多名学者，为其捉刀代笔，编纂出《铁路高速列车应用基础理论与工程技术》《超大型工程系统集成理论与实践》等专著。
不过，关键还在于，如何拉近与中科院技术科学部的院士之间的关系，这些院士手中捏着决定他命运的选票。媒体披露，为此，原铁道部甚至专门成立公关团队，为张曙光跑评委，送礼物，拉选票。
在中国的院士评选中，“运作”并不鲜见。包装是一种较早出现的运作方式，部分院士候选人付费在科技类报刊登软文，文章多以访谈或个人成果汇报的形式出现，来提升知名度。特别是当院士增选进入关键性公示阶段，会有一波宣传高潮。2001年的院士增选中，甚至出现院士候选人花钱做广告，将宣传运作的方式推至顶峰，这引来了舆论的批评，很多院士也明确表示反感这种炒作。
一些科技类媒体、个人等还扮演了掮客的角色。一家大型国有煤炭企业领导人的“跑院士”过程是：先由媒体协助组织学术研讨会，遍邀中国工程院目标学部的院士们参会，该企业领导与参会院士见面，增加印象分。随后，企业趁热打铁，举办“院士行”活动，将院士们邀请到企业本部考察调研，最后给每位院士发若干咨询费。整个过程中，不用提及具体参选院士的事情，“大家心知肚明，这是一种默契”。一位亲历者说。该企业领导人参选两次，最终顺利当选中国工程院院士。
中科院院士陈运泰发现，每到院士增选的年份，一些院士候选人就以邀请开会等名目与拥有投票权的院士接触。
张曙光选择了更为聪明和强大的路径。2009年，他力推铁道部与清华大学和浙江大学的合作，先后在两校分别设立了“高速铁路技术研究中心”，其中浙大方面有六名院士参与了中心的建设。两校中不少院士也主持了铁道部的科研项目。
此次初步评选下来，进展非常顺利。在张曙光的办公室，王建新已经开始说，“评上了就去感谢下院士们，这个钱还是由我来出。”
然而，形势比人强。2006年，中科院曾对院士增选制度做出修改，其中最大的变化是将院士增选终选阶段的规定由“获得赞同票超过投票人数二分之一的候选人当选”，改为“获得赞同票不少于投票人数三分之二的候选人，按照本学部的增选名额，根据获得赞同票数依次入选”。
2009年11月，张曙光一票之差，再次落选，特别沮丧。不过，王建新表示，“没评上也得感谢。”随后，他又给了张曙光500万元。
实际上，张曙光的两次参选，分别以7票和1票之差败选，这一得票水平如果放到制度修改前会逆转局面。
因增选制度修改，2007年中国科学院当选院士人数出现了明显下降，当年只有29人当选，创出了历次增选的最低人数；2009年，这一趋势延续，中科院当选院士35人。然而，到了2011年，修改院士增选制度所增加的“门槛”又被抵消，中科院新增51名院士，恢复以前的水平。
不过，张曙光没有机会了。
非正常的“运作”导致的严重后果就是，科研能力强、学术成就突出的人不一定能当选院士；而一些学术成就不突出、但能够调动行政资源的人更容易当选，因此院士中不乏政府高官和央企高管。
高官和高管在学术上和工作中，往往更贴近工程科技领域，中国工程院也因此集中了大部分“两高”院士。其中，很多是在担任高官或高管职务时，当选为院士。2013 年的院士候选人中，亦可见来自央企和政府部门的部、局级高官。
从历史看，中国的院士群体自产生始，其学术水准就存在争议。1955年，中科院学部成立时选聘了172名学部委员（后改称院士），1957年增加了18名，前后两批共190名。但此名单产生自推荐和指令，而非选举。大数学家华罗庚就对学部委员的学术标准过低表示不满。在当时，一批在学术界关键岗位上的党员领导干部也进入学部委员队伍，这是因为学部委员聘任增加了一条政治标准。如此，首批学部委员的人数是1948年民国“中央研究院”自然科学领域院士的3.6倍。
第二批学部委员产生则是1980年。中科院自然科学史研究所研究员王扬宗特别注意到，当时《中国科学院学部委员增补办法》中对学部委员的要求是“优秀”而不是“卓越”或“优异”，他认为这意味着中科院降低了对学部委员的学术要求。
自1991年后，中科院两年一次增选制度得以实行，且再未中止。1994年，中科院学部委员改称中科院院士，同年筹备建立中国工程院。王扬宗认为，院士学术标准距离世界科学的一流水准尚存在较大差距，同时，中国的院士数量过多，增长速度过快。
院士整体水准不够高，可以从其与国际学者的影响力对比得到结论。
根据中国科学技术大学科技哲学部教授徐飞的统计，截至2011年，美国国家科学院共有2113名院士，有近200人曾荣获诺贝尔奖；英国皇家学会约有会员1500人，共产生80多位诺奖得主。而中科院和工程院的1400多名院士中，至今尚无一人问鼎诺奖。
张曙光对院士名号的执着，可能不仅在于荣誉感，在中国，院士除了在医疗、乘机等生活方面享受副部级待遇，在升迁、工作安排、申请经费、评奖、社会荣誉等方面都享有特权。 中国院士特权并非在制度上赋予，是在实际操作上演化至此，上世纪80年代，中国进行科技体制改革后，科研经费分配、科技成果评审、科技奖励、科研项目申请等，都没有严格而明确的规范。
王扬宗指出，在制度缺位的情况下，院士发挥了替代性的功能，在很多事情上，行政领导往往会把院士抬出来，以显示资源划分的合法性。然而，没有明确规则的时候，院士自身权力逐渐膨胀起来，潜规则开始大行其道，部分院士成了科技界官僚的利益共同体。
尤其是院士对立项、研究经费、评审的话语权，使高校、研究所和企业对推选和引进院士趋之若鹜。院士在国内已变身为高于教授的最高职称，诸多高校与研究所更是将院士人数当作重要指标，甚至实施“院士工程”，大手笔引进或“开发”院士。如武汉理工大学制定的相关办法规定，为引进的两院院士提供科研启动经费1000万元，补贴安家费60万元和院士楼；每年发放30万元的院士津贴。
面对强烈的追捧，中国院士显得远远供不应求，从而出现了“共享院士”“双聘院士”“兼职院士”等新名目。
一直关注科学规范的学者方舟子将中美两国科学院院士做了对比。美国院士仅仅是一个荣誉，其唯一的特权可能是在《美国科学院院刊》上推荐发表论文，而无其他实质性好处。
王扬宗认为，与美国科学院等私立学术团体不同，中科院的政府背景会赋予院士一些有形无形的权力。
学术界已认识到此弊端。早在2005年，时任中国科协主席、中科院前院长周光召与中科院院士、同济大学海洋地质系教授汪品先等多名院士曾谈及院士制度困境，并大力呼吁进行院士制度改革。他们认为现行的院士制度已不可持续，必须改革。
2012年9月，国务院印发《关于深化科技体制改革 加快国家创新体系建设的意见》，提出“改进和完善院士制度”，这是中央文件首次提及院士制度改革。
曾有学者甚至提出取消现行院士制度。不过，中科院科技政策研究所研究员樊洪业撰文反对此看法，他认为院士制度是在人类文明发展史上形成和完善的合理制度，轻言取消院士制度，实不可取。中科院学部被定为国家在科学技术方面的最高咨询机构，始于1983 年，至今不过30 年。
但包括方舟子、王扬宗在内的诸多人士对于改进院士增选来应对困境并不乐观，因为只要院士特权在，候选人的学术成就反而是次要的，再好的选举程序也会出现不正常的选举结果。
他们呼吁，如今困局根本的解决办法并非改变院士选举制度，而是削弱院士特权，让“院士热”降温，使“荣誉称号”回归本义。
2007年和2009年，原铁道部运输局局长、副总工程师张曙光两次参选中国科学院（下称中科院）院士。在2013年9月10日的庭审中，张承认有2300万元的涉案资金与参选院士相关，这占其4755万元受贿金额的近一半，结果是他距当选院士仅一票之差。
对此，中科院学部工作局回应称，在张曙光参选过程中，中科院未曾收到与张“花钱参评”的相关投诉。如查实哪位院士有受贿等违法行为，除其本人承担相应的法律责任外，中科院将按照院士章程的规定和程序严肃处理，绝不姑息，欢迎社会监督。
然而，这一声明并未平息质疑：2300万元巨款，到底送给了谁？
张曙光揭开了院士增选过程中可能存在的暗箱操作，亦暴露出院士制度不完善之处，院士评审被行政权力和其他利益左右，缺乏学术独立性。
贿款
庭审材料显示，张曙光参选院士的活动资金来自三个人：今创集团股份有限公司总裁戈建鸣的800万元，武汉正远铁路电气有限公司法定代表人王建新的1000万元，以及北京博得交通设备有限公司（下称博得公司）法定代表人陈丙玉的500万元。
2006年，张曙光开始筹备参选2007年院士。中国科学院、中国工程院的院士增选皆为每两年一次。其中，中科院院士每次增选总名额不超过60名。
张曙光1982年毕业于原兰州铁道学院车辆专业，毕业后在车辆段搞车辆维修工作，后在原铁道部做车辆运用的技术管理工作。中国工程院院士王梦恕告诉《财经》记者，张曙光的履历说明他没有做过理论和技术研究，而是从管理岗位上来的，无论是中国工程院还是中科院，他都不具备申报院士的条件。
院士评选标准并非含混不清。《中国科学院院士章程》第四条规定了院士的标准和条件，即在科学技术领域做出系统的、创造性的成就和重大贡献，热爱祖国，学风正派。
退一步言，张曙光的专业属于工程技术领域，更适合参选中国工程院院士，而非专注于基础理论研究的中科院院士。
张曙光之所以跨界参选，可能是因为中国工程院院士的路早被堵上了。据王梦恕透露，由于原铁道部部长刘志军力推引进国外技术的高铁发展路线，国内自主研发的高铁技术受到排挤，多名中国工程院院士对此不满，这让负责高铁技术引进的张曙光不敢试水中国工程院。
2006年前后，戈建鸣得知张参选中科院院士消息后，问“需要多少（钱）”，张说，“你给我准备200万”。戈建鸣承袭父业掌管今创集团，其父俞金坤与张曙光是旧相识，有将近20年的交情。张曙光曾在技术上给对方帮过忙，但“从来没有拿过他的一分钱”。
约一两天后，戈建鸣驾车来京，邀请张曙光到京都信苑酒店吃饭。饭毕，两人走到停车场，戈建鸣从后备箱拿出一个黑色拉杆箱给张曙光。
回家后，张打开箱子看到里面是200万元。
不过，200万元大部分并未用于评选。据张曙光供述，箱子在家里二楼的写字台后面放了一段时间。后来，他将其中的七八十万元转移到保险箱里，陆续和情妇罗某一起花了；还给罗某一部分钱用于购房；余下的六七十万元陆续让其妹夫王勇拿走存起来。
2007年3月，张曙光正式报名参选中科院院士。院士候选人来自两种途径，院士直接推荐候选人，或者国内科学技术研究机构、高等院校和中国科协所属一级学会推荐候选人。不受理本人申请。
与社会上的普通选举不同，中国科学院和中国工程院的院士增选要经过同行评议，需要对其学术成绩作出被普遍认可的评价。其增选程序相对严谨。
张曙光想花钱做工作。他打电话告诉戈建鸣需要用钱，戈建鸣问，“五个够不够”，张说，“两三个就够了”。过了几天，戈建鸣将300万元交给张曙光。
增选初始，各学部常委会将本学部院士按专业划分为若干评审组，其中每个评审组不少于15人，同时将本学部的有效候选人亦相应分组。以通信方式评审，产生初步候选人。各学部常委会需确定初步候选人的主审小组，主审小组一般为三人，对初步候选人系统性、创造性的成就和重大贡献等提出评价意见，对初步候选人的学风、提供材料的准确性等提出审查意见。之后是会议评审，产生正式候选人。
2007年3月，铁道部邀请时任清华大学校长顾秉林和数十位院士、教授参加胶济线试车，张曙光陪同。行程中，清华大学教授、中科院院士卢强提出加强高铁列车空气动力学研究的设想，张曙光表示赞同。一回北京，卢强立即起草高铁空气动力学特性研究大纲，两天后送到张曙光手里；只过了两天，卢强就收到铁道部的立项课题书；再两天后，课题正式立项。
这样的立项速度实属罕见。原铁道部科技司司长、副总工程师周民告诉《财经》记者，铁道部的科研立项属于科学技术司的职责，课题立项最快的也要一两个月，而且项目设立是有计划性的，单独批复项目很少见。
此外，卢强是自动控制和电力系统专家，其承担的科研项目大多是电力系统领域，而这项课题则基于空气动力学领域的研究。王梦恕认为这两个研究领域差别很大。
2007年8月，中国科学院公布院 士增选初步候选人名单，张曙光通过了这一轮评审打分。
至选举最后阶段，学部常委会组织本学部院士对本学部的候选人进行无记名投票选举，根据票数多少依次入选。 2007年11月，张曙光以7票差距落选。他觉得是自己的准备还不够，但戈建鸣认为是“钱没花到位”。
运作
张曙光两次参选中科院技术科学部的院士，都进入了最终选举阶段，折戟于无记名投票环节。
当2009年再次参选院士时，第二位“赞助人”也出现了。武汉正远铁路电气有限公司法定代表人王建新与张是20多年的朋友，都是做技术出身。王建新曾对张曙光表示，愿意提供赞助费，用这些经费去给中科院院士开展横向的科研课题，这可以让更多的院士进一步认识张曙光和中国高铁，对张参选院士会有帮助。 2008年七八月份，张曙光告诉王建新，他要第二次参选中科院院士，需要组织科研成果，让院士们了解他的成果，“需要一部分费用”。王建新很快就给张送去500万元。张曙光称，对于自己参评院士，王建新“比我的积极性还要高，他恨不得一天就能让我做起来”。2009年元旦刚过，戈建鸣也给张送来300万元的运作资金。
由于考虑到“当时正在参评院士，的确需要一些花费”，张曙光虽然认为其产品达不到标准，还是接受了博得公司法定代表人陈丙玉500万元的贿款。博得公司生产电控气动车门，希望能在高铁项目的招投标中获得照顾，但未果。
此次评选张曙光志在必得。除了收受比第一次更多的运作资金，此时他已经出了几本著作。据媒体报道，张曙光组织原铁道部、南车集团四方股份公司、北京交通大学、铁道科学研究院、同济大学、西南交通大学等单位的多名学者，为其捉刀代笔，编纂出《铁路高速列车应用基础理论与工程技术》《超大型工程系统集成理论与实践》等专著。
不过，关键还在于，如何拉近与中科院技术科学部的院士之间的关系，这些院士手中捏着决定他命运的选票。媒体披露，为此，原铁道部甚至专门成立公关团队，为张曙光跑评委，送礼物，拉选票。
在中国的院士评选中，“运作”并不鲜见。包装是一种较早出现的运作方式，部分院士候选人付费在科技类报刊登软文，文章多以访谈或个人成果汇报的形式出现，来提升知名度。特别是当院士增选进入关键性公示阶段，会有一波宣传高潮。2001年的院士增选中，甚至出现院士候选人花钱做广告，将宣传运作的方式推至顶峰，这引来了舆论的批评，很多院士也明确表示反感这种炒作。
一些科技类媒体、个人等还扮演了掮客的角色。一家大型国有煤炭企业领导人的“跑院士”过程是：先由媒体协助组织学术研讨会，遍邀中国工程院目标学部的院士们参会，该企业领导与参会院士见面，增加印象分。随后，企业趁热打铁，举办“院士行”活动，将院士们邀请到企业本部考察调研，最后给每位院士发若干咨询费。整个过程中，不用提及具体参选院士的事情，“大家心知肚明，这是一种默契”。一位亲历者说。该企业领导人参选两次，最终顺利当选中国工程院院士。
中科院院士陈运泰发现，每到院士增选的年份，一些院士候选人就以邀请开会等名目与拥有投票权的院士接触。
张曙光选择了更为聪明和强大的路径。2009年，他力推铁道部与清华大学和浙江大学的合作，先后在两校分别设立了“高速铁路技术研究中心”，其中浙大方面有六名院士参与了中心的建设。两校中不少院士也主持了铁道部的科研项目。
此次初步评选下来，进展非常顺利。在张曙光的办公室，王建新已经开始说，“评上了就去感谢下院士们，这个钱还是由我来出。”
然而，形势比人强。2006年，中科院曾对院士增选制度做出修改，其中最大的变化是将院士增选终选阶段的规定由“获得赞同票超过投票人数二分之一的候选人当选”，改为“获得赞同票不少于投票人数三分之二的候选人，按照本学部的增选名额，根据获得赞同票数依次入选”。
2009年11月，张曙光一票之差，再次落选，特别沮丧。不过，王建新表示，“没评上也得感谢。”随后，他又给了张曙光500万元。
实际上，张曙光的两次参选，分别以7票和1票之差败选，这一得票水平如果放到制度修改前会逆转局面。
因增选制度修改，2007年中国科学院当选院士人数出现了明显下降，当年只有29人当选，创出了历次增选的最低人数；2009年，这一趋势延续，中科院当选院士35人。然而，到了2011年，修改院士增选制度所增加的“门槛”又被抵消，中科院新增51名院士，恢复以前的水平。
不过，张曙光没有机会了。
含金量
非正常的“运作”导致的严重后果就是，科研能力强、学术成就突出的人不一定能当选院士；而一些学术成就不突出、但能够调动行政资源的人更容易当选，因此院士中不乏政府高官和央企高管。
高官和高管在学术上和工作中，往往更贴近工程科技领域，中国工程院也因此集中了大部分“两高”院士。其中，很多是在担任高官或高管职务时，当选为院士。2013 年的院士候选人中，亦可见来自央企和政府部门的部、局级高官。
从历史看，中国的院士群体自产生始，其学术水准就存在争议。1955年，中科院学部成立时选聘了172名学部委员（后改称院士），1957年增加了18名，前后两批共190名。但此名单产生自推荐和指令，而非选举。大数学家华罗庚就对学部委员的学术标准过低表示不满。在当时，一批在学术界关键岗位上的党员领导干部也进入学部委员队伍，这是因为学部委员聘任增加了一条政治标准。如此，首批学部委员的人数是1948年民国“中央研究院”自然科学领域院士的3.6倍。
第二批学部委员产生则是1980年。中科院自然科学史研究所研究员王扬宗特别注意到，当时《中国科学院学部委员增补办法》中对学部委员的要求是“优秀”而不是“卓越”或“优异”，他认为这意味着中科院降低了对学部委员的学术要求。
自1991年后，中科院两年一次增选制度得以实行，且再未中止。1994年，中科院学部委员改称中科院院士，同年筹备建立中国工程院。王扬宗认为，院士学术标准距离世界科学的一流水准尚存在较大差距，同时，中国的院士数量过多，增长速度过快。
院士整体水准不够高，可以从其与国际学者的影响力对比得到结论。
根据中国科学技术大学科技哲学部教授徐飞的统计，截至2011年，美国国家科学院共有2113名院士，有近200人曾荣获诺贝尔奖；英国皇家学会约有会员1500人，共产生80多位诺奖得主。而中科院和工程院的1400多名院士中，至今尚无一人问鼎诺奖。
去特权化
张曙光对院士名号的执着，可能不仅在于荣誉感，在中国，院士除了在医疗、乘机等生活方面享受副部级待遇，在升迁、工作安排、申请经费、评奖、社会荣誉等方面都享有特权。 中国院士特权并非在制度上赋予，是在实际操作上演化至此，上世纪80年代，中国进行科技体制改革后，科研经费分配、科技成果评审、科技奖励、科研项目申请等，都没有严格而明确的规范。
王扬宗指出，在制度缺位的情况下，院士发挥了替代性的功能，在很多事情上，行政领导往往会把院士抬出来，以显示资源划分的合法性。然而，没有明确规则的时候，院士自身权力逐渐膨胀起来，潜规则开始大行其道，部分院士成了科技界官僚的利益共同体。
尤其是院士对立项、研究经费、评审的话语权，使高校、研究所和企业对推选和引进院士趋之若鹜。院士在国内已变身为高于教授的最高职称，诸多高校与研究所更是将院士人数当作重要指标，甚至实施“院士工程”，大手笔引进或“开发”院士。如武汉理工大学制定的相关办法规定，为引进的两院院士提供科研启动经费1000万元，补贴安家费60万元和院士楼；每年发放30万元的院士津贴。
面对强烈的追捧，中国院士显得远远供不应求，从而出现了“共享院士”“双聘院士”“兼职院士”等新名目。
一直关注科学规范的学者方舟子将中美两国科学院院士做了对比。美国院士仅仅是一个荣誉，其唯一的特权可能是在《美国科学院院刊》上推荐发表论文，而无其他实质性好处。
王扬宗认为，与美国科学院等私立学术团体不同，中科院的政府背景会赋予院士一些有形无形的权力。
学术界已认识到此弊端。早在2005年，时任中国科协主席、中科院前院长周光召与中科院院士、同济大学海洋地质系教授汪品先等多名院士曾谈及院士制度困境，并大力呼吁进行院士制度改革。他们认为现行的院士制度已不可持续，必须改革。
2012年9月，国务院印发《关于深化科技体制改革 加快国家创新体系建设的意见》，提出“改进和完善院士制度”，这是中央文件首次提及院士制度改革。
曾有学者甚至提出取消现行院士制度。不过，中科院科技政策研究所研究员樊洪业撰文反对此看法，他认为院士制度是在人类文明发展史上形成和完善的合理制度，轻言取消院士制度，实不可取。中科院学部被定为国家在科学技术方面的最高咨询机构，始于1983 年，至今不过30 年。
但包括方舟子、王扬宗在内的诸多人士对于改进院士增选来应对困境并不乐观，因为只要院士特权在，候选人的学术成就反而是次要的，再好的选举程序也会出现不正常的选举结果。
他们呼吁，如今困局根本的解决办法并非改变院士选举制度，而是削弱院士特权，让“院士热”降温，使“荣誉称号”回归本义。