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专家评判值缺失是装备保障指挥效能评估实践中常见的问题之一。在模糊一致性的基础上，提出了一个不完全判断矩阵缺失值的估计和补偿算法，用该算法对传统FAHP方法进行了修正，并以该修正算法为基础，对其在装备保障指挥效能评估中的应用方法和步骤进行了分析，最后以某单位的装备保障指挥控制系统为对象，进行了具体的案例研究。