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根除或局部消灭恶性害虫是应用生态学的终极挑战，因为这需要应用丰富的知识来管理生态以得到理想结果。根除的成功需要广泛掌握靶标和早期检测知识，以及大量的资金、政策和时间的支持。当长期管理成本超过可行的根除方案时，一般选择根除害虫。与此同时，全球化程度越来越高对限制人携带传播入侵昆虫的能力带来了挑战。此外，公众对农药产生的社会和环境影响关注度的增加限制了防治新害虫的选择，尤其是在城市环境中。