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本研究构建了短蛸扩增片段长度多态性（AFLP）分析体系，对DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤进行了分析。得到了一种适于短蛸AFLP技术分析的优化体系，该体系中各优化因素为：模板DNA浓度为200ng／μL；酶切体系中，MseI和EcoRI各加入5units，缓冲液使用MseIbufferTango，反应时间为3—4h；连接最适反应时间为12h；预扩增产物最适稀释倍数为20倍。该体系的构建为AFLP技术在短蛸分子遗传多样性研究中的应用奠定了基础。