以陕西柿栽培种112份为主要实验试材,陕西君迁子16份及河南柿栽培种11份为对照,选用10个多态性强、重复性好的SCoT标记引物,对139份柿属种质资源的DNA进行扩增,通过多态位点统计、聚类分析、主坐标分析、群体结构分析、不同地区遗传多样性分析等方法对陕西省柿种质亲缘关系进行解析。结果表明,10个SCoT引物共获得99个多态性标记位点,聚类分析显示16份君迁子单独聚为一类,与柿栽培种有较远的遗传距离;河南省及陕西省的柿栽培种交织在一起,遗传距离较近。遗传结构分析、遗传多样性分析等结果表明,陕西省各地区的112份柿栽培种存在着较强的基因交流,且它们之间的遗传距离均较小,亲缘关系较接近。其中,宝鸡市和西安市的遗传多样性最高,陕南地区最低。试验结果为陕西省柿资源遗传分布、调查收集、品种鉴定提供科学理论依据。