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学术道德生态系统是以学术发展为目标,以学术道德为主线,学术价值观、学术成果和学术环境等因子相互作用而形成的特殊生态组织系统。在剖析高校学术道德生态系统现实困境与根源的基础上,提出“唤醒”学术良知以培育正确的学术价值观、创新学术评价机制以引导学术成果功能回归、规避科层制管理弊端以优化学术道德生态系统环境的重构路径。