亲民党成立，国民党败选
　　李登辉在把国民党内大部分反对派清理出党后，下一个目标指向了“台湾省长”、党内另一个实力派人物宋楚瑜。当初李登辉的上台，多亏了宋楚瑜的临门一脚，所以李登辉执政之后，对宋提携有加。宋楚瑜也不负李的厚望，成为其集权路上的得力股肱。两人关系一度被媒体描述为“肝胆相照”“情同父子”。但是宋楚瑜1994年参选“台湾省长”成功后，风头日盛，日渐为李登辉所忌惮。1996年当选“民选总统”后，李登辉自感羽翼丰满，便毫不犹豫地过河拆桥。
　　1996年李登辉选连战作为自己的搭档，竞选第九任“总统”，实际上表明了由连战接班的意向，这已引起宋楚瑜不快。而之后的“冻省”事件，则进一步激化了矛盾。 1996年年底，李登辉接过民进党主张，通过“国发会”，以“精省”为名，强势废除了“台湾省”，从而架空了宋楚瑜“台湾省长”的权力。更让宋楚瑜气愤心寒的是，在指定
　　“国发会”正、副召集人及筹备委员时，竟没有安排他这个“当朝红人”的位置，使他瞬间从决策中心滑落到权力的边缘。
　　这一现代版“宫斗”戏最终以宋楚瑜的“请辞待命”落下帷幕。但宋楚瑜最初并没有立即产生脱党之心，他仍在等待李登辉释放和解信号。而此时，国民党内绝大部分人认为宋楚瑜是国民党的“宝贵资源”，建议善加用之，并提出“连宋配”参加2000年“总统”大选。但李登辉拒不表态。
　　三年之后，已避走美国的宋楚瑜终于认清当权派的冷酷无情。1999年年底，返台的宋楚瑜正式决定与医师出身的台籍人士张昭雄搭档，自行参选2000年台湾“总统”。一批原来声明与宋共进退的“省府”人马迅速组成竞选班底。 6天后，国民党宣布开除宋楚瑜的党籍。为了进一步封杀宋楚瑜，1999年12月，李登辉暗中指使一个民意代表召开记者会，举报宋楚瑜在任国民党中央秘书长期间，贪污国民党公款，这就是所谓的“中兴票券案”（简称“兴票案”）。事后查明，宋楚瑜的这个巨额账户，其实是当初奉李登辉之命成立的，目的主要是照顾蒋氏后人及政党运作，并无不当之用或侵占之实。但在当时，这一事件却让宋楚瑜功亏一篑。
　　值得说明的是，当时除了
　　“宋张配”外，参加“总统”竞选的，还有国民党“连（战）萧（万长）配”、民进党“陈（水扁）吕（秀莲）配”。选举中，连战选情低迷，而作为国民党主席的李登辉，不仅不支援连战，反而暗中“弃连保扁”，支持以“台独”为党纲的民进党候选人陈水扁，认为只有陈水扁才能真正继承自己的路线。所以在连战选情不佳的情况下，国民党中常会开会，拟好文稿请李登辉宣布公开支持连战，竟被李登辉拒绝。因为李登辉的态度，亲李的本地工商界大佬，纷纷转而支持陈水扁。
　　2000年3月18日，台湾地区领导人选举结果揭晓，民进党候选人陈水扁以497万票当选，而后开启了他刻意制造“族群”分裂，撕裂台湾社会的时期。独立参选人宋楚瑜获466万票，以30万票的些微差距落选。由于国民党阵营分裂，宋楚瑜分走了大量选票，连战得票仅为292万。中国国民党在台湾第一次沦为在野党。
　　同年3月31日，宋楚瑜正式宣布成立以“人民第一”为宗旨的亲民党。在宋楚瑜的个人魅力及团队稳健的问政风格影响下，新成立的亲民党一举成为除国民党、民进党之外的台湾第三大党。
　　李登辉的行径让不少人看清了其“台独”的真面目，许多国民党党员包围国民党中央党部，逼迫他辞去了党主席职。但李登辉并未消停，2001年，他主导成立了“公联党”，继续“台独”活动。
　　不久，李登辉在自己兜售“台独”的书中，透露了他如何推行“两国论”，如何搞垮国民党的全过程。在书中，李登辉狠批国民党为“外来政党”，对其痛恨至极。身为前中国国民党主席，李登辉对这个给他本人带来极大政治权力和荣耀的党竟有如此大的仇恨，以至于必置之死地而后快，实在让人难以置信。
　　“两蒋”在台湾苦心经营几十年，在台湾制造了国民党一党独大的局面，但内部仍矛盾重重。各派系在蒋氏父子的强权统治下尚能克制，“两蒋时代”一旦终结，国民党内部即刻陷入内斗，一分为四。2004年，马英九带领国民党夺回执政党地位，可仍频频传出党内不和的丑闻。2016年台湾大选前夕，国民党屡提“团结”口号，实则将内部的“不团结”暴露无遗，此番大选败北，也是意料之中了。