区域协同创新有利于促进区域间创新要素流动,优化科技资源的合理配置,提升区域创新绩效。采用改进的DEA模型,在测度中国62个城市2003—2016年创新绩效的基础上,运用门槛回归模型分析在不同经济发展水平条件下区域协同创新对创新绩效的影响机制。结果表明:(1)研究期内62个城市的创新绩效整体上在波动中稳步提升,区域创新绩效存在较大的空间非均衡性。(2)区域协同创新对于区域创新绩效的提升具有促进作用,区域创新绩效与区域协同创新核心解释变量之间存在着非线性关系,专利合作数对区域创新绩效的影响呈现正向双门槛特征,科技论文合作数对区域创新绩效的影响呈现正向单门槛特征,两者对区域创新绩效的影响都随着经济发展水平的提升呈现出不同程度的下降趋势。(3)科技人员流动量在跨过经济发展水平第一门槛10.088而低于第二门槛10.255时,对创新绩效的促进作用最明显;科技资金流动量在经济发展水平第一门槛9.427以下时对创新绩效的影响最显著。