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针对有参考星的编队飞行小卫星群的自主位置保持，研究了基于星间测距的主从星相对自主定轨的可行性及其算法。考虑突发测量噪声对算法稳定性的影响，在迭代EKF算法中引入弱化因子，对误差较大的观测量实施“软删除”，相比抗差Kalman滤波，性能稳定、额外计算量小、适于星载实现。仿真表明，无摄动运动下的相对定轨最差可控制在0．1m左右；J2项摄动的情况下的相对定轨误差约为2m。