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对SV40中国云南分离株YNQD38进行了全基因组核苷酸序列测定。覆盖了整个基因组的9个重叠的基因片段被扩增和测序，与其它SV40株进行了序列比对并基于全基因序列建立了遗传进化树。结果显示：基因组全长5125bp，基因组构成与其它SV40毒株相似，均有6个开放读码框架和1个调控区。YNQD38与已被证实高度保守的其它SV40比，全基因组核苷酸同源性仅为91．0％。在SV40的保守区VP1、VP2、VP3、小t抗原（t—ag）和部分大T抗原（不包括大T抗原C末端）区，YNQD38与其它SV40之间核苷酸同源