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病害问题是制约我国扇贝养殖业发展的关键，因此贝类的先天免疫也成为当前研究的热点。丝氨酸蛋白酶是先天免疫中至关重要的酶类，在许多通路中起信号放大作用。目前对栉孔扇贝丝氨酸蛋白酶的研究主要集中于基因序列分析和表达谱研究，基因定位方面的研究尚未开展。文章以包含一种栉孔扇贝丝氨酸蛋白酶基因的BAC克隆为探针，利用BAC—FISH技术将其定位到一对同源染色体的长臂上，为丝氨酸蛋白酶基因的后续研究提供了基础；同时，利用PCR产物直接测序法筛选了该基因内部的6个SNP标记，这些SNP标记可供遗传图谱定位使用，从而可以实