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原生动物由于其种类多、分布广、数量大及对环境变化的敏感性,能够对水质做出准确的评价.文章从采样的原则和方法、样品的处理和计数以及结果的表述和分析等方面总结了原生动物群落变化与水质关系研究过程中常用的方法、采样规则及注意事项,并介绍了种类数、丰度、优势种、指示种、功能类群、生物指数、统计学分析等多项指标的研究方法,研究者可以根据需要选取其中合适的方法进行应用.