2010年9-11月、2011年5-7月和9-11月、2012年5-7月在长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区干流宜宾、合江及江津江段进行了4次鱼类资源调查,共采集鱼类样本27 836尾,隶属于7目17科111种(亚种),其中长江上游特有鱼类27种,产漂流性卵鱼类45种,外来鱼类6种。宜宾、合江及江津江段鱼类物种数分别为85、91及91种,宜宾与合江江段鱼类相似度指数为69.23%,合江与江津江段为71.70%,宜宾与江津江段为77.78%。铜鱼(Coreius heterodon)、南方鲇(Silurus meridionalis)、长鳍吻(Rhinogobio ventralis)及圆口铜鱼(C.guichenoti)为保护区干流主要经济鱼类,产漂流性卵鱼类占渔获物总重量的66.35%。鱼类Shannon-Wiener多样性指数在4次调查中江津江段均最高,宜宾次之,合江最低,但三江段之间多样性指数均无显著性差异(P>0.05)。与历史资料相比,该江段鱼类资源明显减少,急需加强保护措施。