书院讲学是近千年乘中国私家讲学的惟一显著的制度。它的精神和规模都已经在宋代时大致确立了。因此严格言之，元明之后的私人讲学并没有特别的新内容。但就是在这数百年的发展里我们才能更切近地了解和评价这一个重要传统下的重要机构。
　　元代书院的基本精神是建基于仕子耻己国之辱不仕于外朝的心灵信念，但元代书院的制度却又以“官学化”为其特色。
　　先从理学家不仕的退隐精神谈起。中国人之仕于外族可以说到了五代时仍十分普遍，虽然在心情上总有不能完全心安理得的不满足感，但是这种态度至少在理学发展以前并没有集结而成一种思想上的规律和要求。但是宋代的特殊国运终于使不仕外朝的逃避作风变成了知识分子的理想。柯劭忞的《新元史》说熊朋来的故事便是一个例子：
　　熊朋来，字与可，南昌人。宋咸淳中进士。宋亡，隐居教授，从游日众。
　　其他有名的例子还有刘因、郑思肖和谢枋得等。
　　这样的退隐精神和实践不免需要依靠山林的支持，元早期的书院当然与亡国之后仕子避居思痛的精神有密切的关连。但是也就是因为知识分子的操守有制度的支持，元政府就愈加以牢笼控制。至元二十八年，元统一中国甫12年，政府便颁布教育的政策，规定各地方设立学校，而“先儒教仕之地，名贤经行之所”，或有财力愿出钱支持教养学生的地方，则准许设立书院。这是政府支持书院教育的明确指示。
　　不久，元政府更干脆规定书院的院长应称为“山长”，“受礼部付身”(即由政府委任)，由一般考试下第的人担任。毕业生的优秀者又可以充当教官或属吏。从这一些措施我们可以看出政府对书院教育的注意。因此陈东原说“书院官学化了”。
　　但是在异族统治，政府牢笼的环境之下，书院却继续把宋儒的精神加以发扬光大。例如赵复就会应杨惟中及姚枢之请，在太极书院讲学，《元史》说“北方知有程、朱之学由复始”。
　　由此我们可以看出宋朝开创的书院精神。在注入元儒的退隐理想之后，继续充满活力，发展下去。不仅把理学家的学术和理想加以发扬光大，也替异族统治下的汉人保存了一份珍贵的遗产。书院就这样绵延下去了，而且似乎比政府的州县学更为活泼，更充满朝气。