目的利用RNA-Seq技术筛选并分析与脑血流自动调节相关的基因。方法健康雄性SD大鼠随机分为高血压模型组(14只)和假手术组(6只),高血压模型组大鼠进行双侧肾动脉夹闭,假手术组行开腹手术,不夹闭肾动脉。术后8周将大鼠麻醉,以10～15 mm Hg为一级降低血压,同步记录股动脉血压、颈动脉血流量以及大脑中动脉血流速度,绘制自动调节曲线,并计算脑血流自动调节下限(lower limit of autoregulation,LLCA)。其后取大鼠脑组织进行转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq),比较两组基因表达差异。根据LLCA升高程度将模型组分为两个亚组,高LLCA亚组与低LLCA亚组,高LLCA与假手术组筛选差异表达基因。结果完整采集数据模型组6只,假手术组3只。模型组收缩压、平均动脉压以及LLCA均显著高于假手术组(P<0.05)。模型组中高LLCA亚组与低LLCA亚组收缩压、平均动脉均无明显差异,但高LLCA组的LLCA值高于低LLCA组,差异具有统计学意义(P<0.05)。模型组与假手术组相比有45条基因差异表达,其中上调基因30条,下调基因15条,高LLCA亚组与假手术组比较有478条基因差异表达,其中上调基因289条,下调基因189条。两两比较的交集差异基因共有38条,功能主要涉及趋化作用、平滑肌细胞分化、肌管细胞发育、整联蛋白介导的信号通路等。结论高血压大鼠与正常大鼠共有45条基因差异表达,其中高LLCA的高血压大鼠有478条基因表达发生变化。