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福建农业高新技术产业化取得成果的同时，也存在一些问题，如农业高新技术研究投入不足、农业高新技术研究领域过于集中、产业内部结构不合理等问题，已成为制约福建农业高新技术产业发展和壮大的主要因素。要促进福建农业高新技术产业化，就应该加大对农业科学研究投入，建立以企业为主体的农业高新技术产业化体系，并调整农业高新技术产业结构。