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细菌在反刍动物瘤胃中的数量非常多，每克内容物超过1×10^10个细胞，在瘤胃发酵中起着决定性作用。早期的研究表明，瘤胃细菌非常复杂，而分子生物学研究揭示其生物种类比原来认为的更加复杂多样。近期的研究表明，原来认为是同一细菌的菌株在遗传进化特性上相差甚远；而由瘤胃混合微生物16S文库的DNA（rDNA）序列分析显示，还有大量尚未认识的种类存在。对瘤胃细菌分类的研究仍在继续且变化不定，并且非培养的或尚未认识的瘤胃细菌仍未被全部发现。因此，研究瘤胃细菌的生态系统组成有助于更加深入地研究瘤胃发酵的机理，