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在回顾2000-2009年国家自然科学基金资助状况的基础上，分析国家自然科学基金与独立设置的省属高等医学院校发展的相关性，阐述了参与国家自然科学基金竞争弱势院校的成因，从科学研究和人才培养两方面探讨了国家自然科学基金对省属高等医学院校的影响力。研究提示，国家自然科学基金立项与高校总体影响力呈对数正相关关系，通过积极争取国家自然科学基金支持，有利于提升医学院校科研整体水平，快速提升基础薄弱的医学院校的科研实力；国家白然科学基金对窟属高等医学院校的影响力具有正向推动作用，有利于提升医学人才培养质量。高等医学院