近代之前，西方的哲学思想和科学理论是纠缠在一起的。从西方文明的起点——古希腊文明开始，早期的自然哲学家们均试图从哲学层面为宇宙的根本做阐述。其中有以泰勒斯为代表的朴素本源论;毕达哥拉斯的数为本源论以及以德谟克利特为代表的多元论。古希腊晚期更有柏拉图和亚里士多德以形而上学为根本，将古希腊自然哲学推向了顶峰，从而使西方的哲学具有了理性背景和思辨色彩。我们可以这样认为，在古希腊时期，西方的科学还未从哲学中分离出来，即哲学科学一体化。
　　值得注意的是，上述特点与我国哲学并不具有一致性，即我国哲学自古以来注重的并不是对外界世界的探究和理解之中，而是“修身治国平天下”的内在道德修养和外在政治抱负。因此，西方哲学将理性和思辨作为武器，其本质是对智慧的向往，正如哲学一词在西方中是“爱智慧”象征，科学对智慧的憧憬从而和西方哲学的本质目的具有了一致性，二者也密切联系起来。
　　一.古希腊哲学与中世纪基督教哲学
　　西方社会一直将哲学作为各个学科的顶点，存在着一定的思想渊源。米利都学派通过现实世界中存在的物质来阐述世界的本源，其本质是将世界本源从神学中分离出来，具有了客观实在性;毕达哥拉斯学派认为数是世界的本源，也是历史上首次将抽象概念加入到了科学研究之中;后期的巴门尼德和芝诺以逻辑思考物质和运动，更是将理性思维带入了科学探究过程之中。
　　古希腊三杰及之后的各个学派，西方的哲学和科学仍是联系紧密。例如，亚里士多德不仅仅在哲学方面颇有造诣，也同时研究了物理学、植物学、生物学、地理学等一系列科学范畴。。“哲学和科学，以及所有通过思辨而来的智慧，包含了数学在内的学科”。在这种思想下，西方的哲学和科学有着千丝万缕的联系。
　　值得一提的是，在古希腊时期，科学与现当代科学概念并不是一致的。古希腊时期的哲学家们通常是以理性为基础，思辨为工具，对客观事物进行较为朴素的理解，因此，和我们的现代科学是存在一定的区别的，它没有实证和理论演绎的内核。科学蕴藏在哲学之中，以试图用科学来作为解释的工具，而不是探究客观世界的内在规律，那么古希腊的科学不存在被实践证实的可能性。科学是哲学理解世界的注脚，换句话说，古希腊时期的科学没有从哲学中分离出来的力量。
　　二.近代科学的觉醒
　　历史步入近代之后，西方哲学和科学的联系发生了根本性的转变：首先，曾经二者的包含与被包含关系逐渐转变为共同对抗敌人，即宗教。这是二者对从属关系到平等关系的地位转变，科学将自己从宗教的束缚挣脱出来的同时，完成了从西方哲学中分离出来的过程;其次，科学在这种“反抗”的过程中，逐渐强大，到近代末期甚至出现了与西方哲学“分庭抗礼”的地步。科学的成长过程无不让人惊叹其速度和力量。科学迫使宗教让位，“宗教的皇冠传递到了科学和哲学”，也使得西方哲学再次重现往日光辉，唯理论和经验论的争论也为科学理论和方法的完善提供重要的思想支持。西方哲学和科学之间的联系成为了二者的“合作共赢”。
　　近代科学先驱们以从所未有的精力和勇氣，开创了一个又一个属于科学的领域，物理学、化学、生物学、地理学等一系列科学学科迫不及待地和它们曾经的主体分清界限。近代之后，实证科学成为了人类智慧领域的一颗冉冉新星，实证科学抛弃了古希腊科学中朴素的思辨性要求，抛弃了唯理性主义对世界的纯粹构想，转向了以经验实践为依据，以客观世界为检验标准的新兴学科。各种科学方法和科学工具成为其强而有效的助手，将科学从哲学中彻底分开，从而成为了一门全新的学科——“近代科学”。
　　那么，我们已经发现了近代科学和传统科学之间的差异。却不可盲目的切断西方哲学和科学之间的联系。尽管科学日益强大，但是它出现的时候，科学还是被看作哲学之下的一个理论，牛顿的著作《自然哲学的数学原理》依旧是以哲学为名。这也是亚·沃尔夫说过的：“在它发展的开始，哲学和科学仍然是有着紧密联系的。哲学在某种意义中还是泛指世界的智慧，当然也包含所有现在认为的科学。”
　　理性主义的第一人，笛卡尔还是相信哲学是所有智慧的主体，他曾经说过一段话：“整个哲学好比一棵大树，树根是形而上学，树干是形而下学，树干上长出的树枝可以分为三大类;即医学、力学和伦理学。”这句话表明了笛卡尔还是相信哲学是我们人类知识体系中的根本，同时理性和思辨性对于科学乃至其他学科有着重要的前瞻性作用。哲学中包含的理性思维是科学研究不可缺少的东西。
　　经验主义的第一人，培根相信：“哲学是包罗万象的科学知识的总体。”也就是说，在经验主义者们心中，哲学与科学的联系仍然是不可分的。当然，培根并不是将旧哲学和近代科学混为一谈，相反的，他认为经验论可以为科学研究提供有力支撑。他在著作《新工具》里细致地研究了曾经的哲学理论和现在科学研究之间的区别，也最终以经验论为基础提出了他的科学归纳法。成为了实证和实验科学的范本。经验主义者霍布斯，对哲学和科学的联系的看法，和上述一致。他认为自然哲学其实就是自然科学，其他的哲学则是社会科学。另一位怀疑论者休谟更是创作了“理智科学”，他相信是所有学科赖以生存的根本是理智科学，“在试图说明人性的原理的时候，我们实际上就是在提出一个建立在几乎全新的基础上的完整的科学体系，而这个基础也正是一切科学惟一稳固的基础。”[7]尽管实证科学蓬勃发展，但对客观事物的研究永远绕不开人类理智这样一个问题，因此，理智科学应和近代科学享有相同的本质和地位，也接受经验实践的反馈和认同。那么，科学认识将不存在逾越经验事实的可能心，不能超出经验的范围，也就是说，以理性注意为基础的旧哲学体系是我们永远无法得知的幻想。休谟这样的思想促使了近代科学和传统旧哲学的分离。
　　德国古典哲学第一人，康德相信，思辨哲学和传统哲学是一致性的。他表示，思辨哲学的本质其实与科学并不相同，因此思辨哲学才是人类智慧成果的综合，也就是说，思辨哲学是近代科学的前提和根本。那么，思辨哲学也因这样的根本性而具有了作为其本体的科学范畴。思辨哲学不应该研究那些理性所赋予的智慧成果，相反的，其主要目的应该是探究逻辑理性本身的理论，从而真正成为科学。康德试图将思辨哲学科学化，使之成为近代科学理论中的根本之物。他在著作《任何一种能够作为科学出现的未来形而上学导论》里表示纯粹自然科学为之生存的基础就是先天综合判断，因此理性的作用在此呈现并最终使其获得了科学性。那么则需要对自然科学的基础做一个明确的基石，即思辨哲学需要找到其本质上的科学合理性，如此一来，整座人类知识大厦才有了坚固的地基，也就可以建立起坚实的知识体系。在康德这里，哲学和科学的联系似乎又回到了曾经二者具有的样子，思辨哲学应作为一种科学之基础，构建人类科学体系。 　　三.现代哲学的科学本质
　　从上述历程，我们不难发现，西方哲学逐渐脱离了以往认为其是所有智慧综合的刻板印象，逐渐转变为试图将自身科学化的努力之中。也就说，尽管哲学和科学之间的联系逐渐断裂，但哲学本质依然是科学的基础和前提。对比如今科学的蓬勃发展，现代哲学的处境就显得略微尴尬。因此也催生了将哲学科学化的一批思想家，首当其中就是以维也纳学派为代表的科学哲学主义，他们尝试将哲学改变为和科学一样能被证实的学科，试图将哲学和科学以一种科学的方法联系起来。比如实证主义者们一直以来相信哲学毫无疑问具有科学性，并为了期望证明其科学性作出各式各样的努力。在胡塞尔看来，能否拯救危机取决于作为严格科学的真正哲学之建立。胡塞尔曾说：“哲学的历史目的是成为所有科学中 最高的、最严格的科学。”因此，如何證明哲学的科学正统性、如何使哲学伫立在科学的土壤之中，便是要解决的首要问题。但是这样的道路并不容易，也并不明晰。为此，胡塞尔在著作《纯粹现象学和现象学哲学的观念》里表示，哲学是一种超越了经验的学科，人类以理性和认知为基础研究这个世界的内在法则和外在表现，是理解宇宙最根本东西的关键。但是现代科学发展至今，仍然是经验事实之内的东西，它是我们理性对外部世界感知之后，做出的种种规定，但是没有反映宇宙的根本。因此，哲学依靠哲学的说法是不成立的，这样一来，哲学的主体性地位又出现了，科学应该依仗哲学的途径，即理性逻辑。
　　上述表明，哲学和科学的联系依然是哲学为主体，科学为工具。其实还有第二个关于二者关系的问题，即在哲学研究中和科学研究中，能不能找到一条同样模式的路径，换句话说，哲学与科学之间需不需要拥有一致的研究方法？对此，现代哲学人本主义者们所秉持的意见，大都是存疑或反对的，他们相信，哲学和科学的本征属性并不一致，那么在研究方法上，不存在一致性的需要。人本主义者提出了理论是“科学划界”问题，即将哲学和科学之间的联系彻底斩断，从而以全新的角度看待宇宙。人本主义代表者维特根斯坦认为，哲学是科学之母或是哲学本身即是科学的观念是不合理的。他曾经表示：“哲学不是自然科学之一。”这主要有四个方面：第一，科学本身具有可观测的属性，是一种直观的、非抽象的研究，因此可作为经验世界的认识路径，且能得到经验的反馈;第二，哲学思考的是理性中无法言状的、抽象的理念，它的研究成果不一定能得到经验的反馈，但它是人类认识的基础;第三，科学存在的意义无非是理解和描述客观宇宙的，但是哲学的目的更加纯粹，是关于思想的研究，并和其他学科划清界限;第四，我们科学理论的出现是为了主观地建立知识体系，但是哲学并非体系，它是一种人类特有的思想活动。换句话说，通过哲学可以表达那些哲学抽象思想，通过科学，也一样如此。即人类借助思维能力来体验抽象，借助科学语言来表示哲学。