目的探究强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）患者肠道真菌菌群的多样性特征,分析健康人群与AS患者肠道真菌的结构差异。方法收集17例健康人群新鲜粪便样本和24例AS患者新鲜粪便样本,分别称为HC组和AS组,提取两组粪便样本总DNA;根据真菌ITS2区设计引物进行扩增,利用Illumina HiSeq PE250平台进行ITS2高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs（operational taxonomic units）聚类,Alpha和主成分分析,物种组成统计,显著性差异分析,最终得到样本物种信息。结果对肠道真菌菌群进行Alpha分析,各多样性指标中,shannon和observed_species指数差异有统计学意义（P<0.05）,其余指数差异均无统计学意义,故不能明确两组间多样性的差异。主成分分析提示差异显著。对肠道真菌结构进行分析,门的水平分析显示,担子菌门（Basidiomycota）在HC组和AS组中差异显著,接合菌门（Zygomycota）在两组间差异极显著;纲和属的水平分析显示,Ascomycota_unidentified纲在两组中差异显著,伞菌纲（Agaricomycetes）、Incertae_sedis₁0纲、Orbiliomycetes纲差异极显著。Agaricomycetes_unidentified₁属、Amphinema属、Geoglossales_unidentified₁属、腔块菌属（Hydnotrya）差异显著,鹅膏菌属（Amanita）和锁瑚菌属（Clavulina）差异极显著。结论本实验证实了在AS患者中存在肠道真菌菌群失调,其特征是生物多样性和结构的改变,揭示肠道真菌也可能在AS发病中发挥作用。