北苍术Atractylodes chinensis具有重要药用价值和经济价值。本研究利用Illumina平台测序获得4份不同产地的北苍术的叶绿体全基因组序列， 筛选特异DNA条形码， 并利用特异DNA条形码对不同产区北苍术样品种质资源鉴定及居群的遗传多样性分析。该4份北苍术叶绿体全基因组均为典型的环状四分体结构， 均注释114个基因。比较基因组学研究结果表明ccsA和trnC-GCA＿petN是潜在的北苍术种内鉴别的特异DNA条形码。选择ccsA和trnC-GCA＿petN对来自9省14产区的256份样品进行PCR扩增， 扩增效率为100%。序列分析结果表明ccsA和trnC-GCA＿petN分别有11和22个变异位点， 分别能鉴定16和22个单倍型， 两段序列联合分析鉴定39个单倍型， 命名为Hap1～Hap39， 其中占比最多和分布最广的基因型为Hap9。单倍型多样性 (Hd) = 0.896， 核苷酸多样性 （Pi） = 0.002 22， 说明北苍术在物种水平上有较高的遗传多样性。各单倍型的遗传距离为0.000 00～0.004 88， 说明各个单倍型之间有较小的遗传差异。系统进化树分析结果表明， 39个单倍型有很近的亲缘关系， 并且与除白术外其余同属类群形成明显的两个分支。本研究为后续鉴定北苍术产地来源和后续种质资源保护和育种方面起到重要作用。