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使用分步变化的alchemical自由能模拟的效率可以通过迭代地调节每个系综的重要性并进行重要性抽样来提高。本工作从前人提出的两态......
PLX4720和TAK-632是B-RAF激酶的抑制剂,它们具有不同的解离速率常数,然而决定它们的解离速率常数不同的作用机制却不清楚。为了研究......
在本研究中,我们采用传统分子动力学模拟、MM/GBSA能量分析、拉伸动力学和伞形采样等多种计算模拟手段探索了两个2,4,5-取代嘧......
乙酰辅酶A羧化酶(Acetyl-CoA carboxylase,ACCase)是重要的除草剂靶标之一。目前靶向ACCase已成功开发了芳氧苯氧丙酸酯(Aryloxyph......
该论文阐述了主成分动力学/构象涨跃动力学(Essential Dynamics/Conformational Flooding,ED/CF)、靶向动力学(Targeted Molecular......
分子动力学模拟(Molecular Dynamics Simulation,MDS)方法,作为实验手段的补充,已经发展成为一种经典可靠的方法来研究生物大分子的结......
为了探究环肽纳米管介导离子和小分子物质的跨膜转运机制,以环八肽纳米管中Na+为模型,采用拉伸分子动力学方法,研究了Na+在自组装环......
随着计算机技术、分子生物学和计算化学的发展,蛋白质理论模拟已经成为一个重要的研究领域,为生物大分子的实验以及药物分子设计都......
恶性肿瘤是严重威胁人类健康的最主要疾病之一,长期以来除了手术治疗、放疗以外,化疗是最重要的治疗手段。然而,由于肿瘤细胞对化......