主体功能区管理职能包括主体功能区规划、管理组织设置、管理人员配备、协调和调控等；首先，对内蒙古自治区不同类型和层次的主体功能区管理职能进行了研究，叙述了不同类型和层次的主体功能区划分、规划、管理组织设置、管理人员配备、协调和调控等现状，并且进行了评述，指出了不同类型和层次的主体功能区管理职能规划体系不完善、没有专门的主体功能区及区域管理组织机构、主体功能区管理人才缺乏、主体功能区协调体系不完整和主体功能区调控体系不健全等问题；其次，对内蒙古自治区盟市主体功能区管理职能进行了研究，分别就盟市主体功能区落实、规划(功能定位、发展方向和空间结构)、管理组织设置、管理人员配备、协调、调控(分级分区调控和调控手段体系构建)和管理职能体系构建(基本原理和基本设想)等进行了分析和确定，并且主要以包头市为例进行了说明；再次，对内蒙古自治区履行主体功能区管理职能对策进行了研究，提出了突破行政区划的障碍、做好主体功能区划分工作、完善主体功能区规划体系、建立健全主体功能区管理组织、配备和培养主体功能区管理人才、促进主体功能区协调发展、构建主体功能区调控体系、建立健全主体功能区管理职能运行机制和构建主体功能区管理职能考核评价体系等对策。