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随着药物大量频繁的使用，药物及其活性成分(APIs)在水体中不断被检出。水环境药物残留对水生态系统的影响受到国际社会广泛关注。改进药物分子设计，是从根本上控制该类污染物对水生生态系统的影响的一种有效措施。本文综述了国内外在该领域的研究进展，根据绿色化学理念，从药物分子设计角度，探讨药物或其活性成分在水环境中的潜在风险。最后，就改进药物分子设计以降低水生生态风险的可行性进行了综合分析与讨论，为今后进一步完善药物甚至其他环境化学物质分子设计，合成新型环境友好替代物提供参考。