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罗氏沼虾是我国淡水虾养殖中的重要品种之一,具有食性广,生长快,肉质鲜美,营养丰富等优点,为水产业重要的经济物种,具有较高的经济价值。但是,近年来随着病原微生物病害肆虐,已经严重威胁到了水产养殖业的可持续发展。螺原体作为一种新型水产病原菌,是经济甲壳动物虾蟹的重要致病原,而microRNA(microRNA,miRNA)作为一类调控基因表达的非编码RNA,在宿主抗细菌感染方面具有着重要的免疫调控作用,发挥一系列免疫调控功能。本实验采用螺原体感染罗氏沼虾作为实验组,并将只注射细菌培养基的罗氏沼虾为对照组,用其肝胰腺组织为研究材料。对感病和健康的罗氏沼虾肝胰腺总RNA进行提取,继而分别构建cDNA文库,然后对文库进行纯化,利用Illumina Genome Analyzer II测序仪测序,接着用ACGT101-miR v4.2软件对测序出来的结果进行处理。并对测序数据进行挖掘,系统筛选鉴定虾的miRNAs,分析比较正常和感染情况下miRNAs的差异表达,结合靶基因的预测与功能注释,从而探讨免疫相关的miRNA与免疫靶基因的关系。我们从正常的和感染的样品中获得5,005,587和5,170,049的原始数据后,删除不合适的测序数据,就是删除垃圾序列读数以及去除序列只含有A和C或者G和T低质量污染序列,排除序列短于18nt和超过26nt后,我们获得两组分别为4,032,389和4,329,552的高质量可比对数据。然后对miRNA进行分析,在正常和感染血细胞库中,高质量读数的大小是相似的,大多数小分子RNA长度范围主要集中在18～26nt中。将总共513个新的miRNAs整合到一起,分为三组。第一组41个miRNAs序列能够与miRBase v21.0中水蚤属的pre-miRNA保持一致,并且比对到的miRNA能够在基因组上定位。其中有16个是上调的,25个是下调的,这些miRNA是保守型,选取其中拷贝数差异最大的上调和下调前10个。第二组78个miRNAs序列能够与miRBase v21.0中其它已知的节肢动物的pre-miRNA比对上,但是不能够比对到在罗氏沼虾或者虾类的基因组上。其中31个是上调的,47个是下调的,这些miRNAs序列属于PN型,选取其中拷贝数差异最大的上调和下调前10个。第三组394个miRNAs序列能够比对到新的候选pre-miRNAs上,并且都能够在比对到的罗氏沼虾基因组和表达序列标签位置上预测到新的RNA的发夹结构前体。其中282个是上调的,112个是下调的,这些miRNAs属于PC型,选取其中拷贝数差异最大的上调和下调前10个。高通量测序方法通过衡量测序频率来提供miRNAs表达的重要信息,运用IDEG6软件分析得到的测序数据表明了有110个miRNAs在正常与感染的样品中显著性表达(p<0.0001),处理后发现在正常罗氏沼虾特有的miRNAs中有4个是表达显著下调的,感染罗氏沼虾特有的miRNAs中有30个是表达显著上调的,而在共有的miRNAs中有19个是显著下调的,57个是显著上调。总之,通过对罗氏沼虾螺原体感染过程中的免疫应答相关miRNAs的系统鉴定分析,最终为揭示这些miRNAs在宿主抵抗病原侵染中的免疫机制奠定基础,为虾蟹病害的防治提供新思路与新途径。