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利用4961对的SSR引物对中棉所48的两个亲本进行多态性筛选，结果筛选到71对条带清晰，稳定性好的多态性引物，用这些引物对261个F2群体进行扩增构建连锁图，获得了包含有48个标记位点的14个连锁群，共覆盖498.7 cM，约占棉花总基因组的10.0，％的遗传图谱。采用Win-QTL Cartographer 2.5的复合区间作图法(CIM)，对F2群体的铃重、衣分及纤维品质进行分析，共检测到11个稳定的QTLs，其中铃重有2个,衣分4个，纤维整齐度2个，纤维细度2个，纤维伸长率1个。这些稳定表达的QTLs，能解释较大的表型变异，可用于纤维品质及产量性状的标记辅助选择。