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利用PCR-测序技术,对采自南四湖的泥鳅与大鳞副泥鳅各4个样本的线粒体COI基因约900 bp的片段进行了测序。碱基平均含量为 A+T55.5%,C+G44.5%。序列同源性分析发现,大鳞副泥鳅和泥鳅种内平均遗传距离分别为0.001和0.012,都小于2%;泥鳅和大鳞副泥鳅与其它不同鱼的种间遗传距离都大于2%。构建的UPGMA系统进化树表明:大鳞副泥鳅和泥鳅样本各自聚为一支,泥鳅与大鳞副泥鳅的关系最近,该结果与形态学分类一致。从而证明,该COI基因序列作为泥鳅与大鳞副泥鳅的 DNA条形码是可行的。