土壤微生物的功能多样性是土壤生产力和土壤性质的重要指标，对土壤的物质循环和能量循环发挥着重要的作用。本研究利用Biolog-Eco技术对元阳水稻梯田系统中水稻与土壤微生物群落多样性的关系进行了研究。采样时间分为水稻移栽前与收获后两个不同时期。结果表明，水稻移栽前，上一个生产季节中种植传统品种与现代品种的土壤微生物群落的Shannon指数、McIntosh指数不存在显著差异，而通过一个生产季节后则能产生显著差异；多年连续种植传统水稻品种的土壤有较高的微生物多样性背景值，传统品种的对土壤微生物的正的影响仍能得到进一步提高。水稻的种植会促进稻田中微生物的丰富程度、碳代谢能力，且当地长期种植的传统水稻品种的促进作用明显优于现代品种。这些结果表明当地传统水稻品种与土壤微生物之间存在更好的互惠关系。