家蚕基因组测序工作的完成,极大地促进了家蚕各项研究的飞速发展,取得的成效十分显著。但是,理论和实践两方面都充分证明,仅仅依靠基因组测序结果的基因组注释还不够完善,需要不断验证、修改和补充。蛋白质基因组学方法是一种近年来开发的非常有效的基因注释方法。我们采用蛋白质组方法,以家蚕中部丝腺、后部丝腺、脂肪体、等12 种组织器官为材料,获得了980 多万个蛋白质质谱图数据,进一步采用蛋白质基因组学方法进行家蚕基因组注释。经过蛋白质数据库、家蚕基因组六位移码数据库和外显子跨越可变剪接数据库三个数据库的搜索,获取可信肽段,并进一步经过肽段结果证实,我们在蛋白水平上验证了4307 个基因,修正了121 个基因,并且发现了239 个新的ORF,鉴定到460 个新的可变剪接。采用转录组数据和同源蛋白数据进一步验证了上述结果。研究结果有利于完善家蚕基因组注释,提高家蚕基因组注释的正确性,使家蚕基因组研究成果发挥更大的作用。