北斗卫星导航系统(BDS)是一个具有开放性的、全球性的、兼容性的卫星导航系统。由于通信的无线Wi Fi6的广泛使用,对同样应用于相近频段的北斗导航芯片S波段信号处理的影响日益增大,亟待解决其干扰问题。通过对Wi Fi6信号的载波特性进行分析,建立了WiFi6信号对北斗卫星导航信号干扰的仿真验证环境,本文提出了一种基于时域和频域的混合域滤波抗干扰算法。为了减小BDS有用信号的泄露,做频域FFT滤波运算之前对时域信号序列进行加窗处理,采用中虚警(CFAR)门限检测技术对功率较大的窄带干扰信号识别并处理。我们在FPGA原型机上对提出的时域滤波器进行了数字化的仿真与实验,实验结果表明由WiFi6产生的干扰信号被清除,导航数据的误码率变为了正常值。由于未来城市环境下WiFi6信号将无处不在,本文提出的算法可以有效地提高北斗卫星导航信号的质量。