【摘 要】
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目的：采用多位点序列分型技术对成都地区不同来源铜绿假单胞菌进行遗传多样性分析,并了解本地区不同来源铜绿假单胞菌的种群结构及遗传进化特点.方法：对铜绿假单胞菌的7个管家基因进行PCR扩增,测序后拼接上传到MLST数据库并获得相应的ST型,START2软件计算等位基因相关参数,eBURST软件构建铜绿假单胞菌株的克隆群,MEGA6.06软件构建进化树对铜绿假单胞菌的ST型进化分析.结果：107株铜绿假
【机 构】
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610041成都,四川大学华西公共卫生学院(华西第四医院)
【出 处】
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第八届传染病防控技术研究与应用技术论坛
论文部分内容阅读
目的：采用多位点序列分型技术对成都地区不同来源铜绿假单胞菌进行遗传多样性分析,并了解本地区不同来源铜绿假单胞菌的种群结构及遗传进化特点.
方法：对铜绿假单胞菌的7个管家基因进行PCR扩增,测序后拼接上传到MLST数据库并获得相应的ST型,START2软件计算等位基因相关参数,eBURST软件构建铜绿假单胞菌株的克隆群,MEGA6.06软件构建进化树对铜绿假单胞菌的ST型进化分析.
结果：107株铜绿假单胞菌经MLST分成61种ST型,其中包括10种新的型别.START2软件分析结果显示trpE含有最多的等位基因及丰富的多态性位点;7个管家基因的G+C％含量在62.57％(nuoD)～70.68％(aroE);aroE和trpE的dN/dS比值均大于1,说明这两个管家基因受到外界明显的选择压力;eBURST聚类分析结果显示共有19个克隆群,其中最大的克隆群为CC17;UPGMA法依据ST型的联合基因序列进行系统进化分析表明,铜绿假单胞菌株形成不同的亚群,存在多样性的遗传背景,与eBURST结果一致.
结论：首次在成都地区对不同来源铜绿假单胞菌进行MLST分型及遗传多样性分析,为铜绿假单胞菌的PubMLST数据库提供了数据资料,并得出不同来源分离株其ST型既有交叉又分散在不同克隆群中,呈多克隆来源,并向不同方向进化,未见明显大范围单克隆流行.
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