岩溶含水层与其他含水层相比,在介质空间与水流特征方面存在显著的差异性,如:含水层随时间演化,极度的空间非均质性和各向异性,渗透系数的尺度效应,补给、径流、水流、储存空间的双(多)重性等,因此,岩溶含水层的调查需要专门的方法,有些方法由传统水文地质调查方法改进而来,部分则专门应用于岩溶水文地质调查.针对特定调查目标时,应在地质、地貌调查的基础上,采取多种方法结合,互为补充.例如，示踪试验在研究地下水流通道比等水位图方法更为精确;根据同位素或水化学特征了解岩溶水系统概况，然后开展示踪试验获取精确信息;洞穴探测用来验证地球物理探测结果等;水流示踪试验、地下水位观测和岩溶地貌测绘相结合可确定岩溶地下水系统分布;泉、落水洞的水流数据与水化学数据分析相结合，了解水流系统的动力学特征等。