Indel作为重要的遗传标记已经广泛用于作物连锁图谱的构建、多样性研究及亲本分析。本研究通过生物信息学方法对玉米全基因组进行扫描并发现可用于开发Indel分子标记的位点,同时运用Indel分子标记鉴定玉米杂交种纯度。根据B73全基因组序列和二代测序组装Mo17邻接片段,在这两个基因型中发现了超过40,000个Indel位点,其中约有11,400含Indel的区段两侧可被用于设计位点转化性引物。143个临近基因(<1kbps)或基因内Indel被用于检测B73和Mo17之间的多态性。PCR扩增结果表明,其中118Indel可稳定清晰地扩增出一条带,且多态性与预测完全相同。用这些Indel标记对配制玉米6个杂交种的10个亲本进行了多态性筛选,发现13个共显性Indel可稳定揭示亲本组合长度多态(>50bp)。结合玉米单籽粒DNA快速提取方法,对1,400多个玉米杂交种子进行了纯度评价,结果显示杂交组合均表现父母本条带的完全互补型。表明Indel标记可被用于快速、准确和经济地鉴定玉米杂交种纯度。