在描述蛋的的质之间的相互作用时，衡量体系是否稳定的一个重要的热力学指标就是自由能，它能够表征分子间相互作用的强度，是衡量稳定体系相互作用的一个最基本的、也是儿乎所有人都应用的一个标准。全新药物小分子设计的成功与否，完全依赖于药物与蛋白质结合能力的预测。大多数药物设计的目的是提高受体-配体之间的结合能力。要解决这些问题，最主要的、也是最其挑战性的任务，就是准确地预测分子之间的结合自由能。发展一种准确的、定量预测结合自由能的方法是非常重要的。目前，采用分子力场进行分子动力学模拟，是一种比较流行的计算结合自由能的方法。其中，基于主方程的计算方法是将结合白由能分解成真空力场作用项(包含键长、键角、二面角、范德华作用和静电相互作用能量)、溶剂化自由能项以及熵的贡献。