我国《环境保护法》第41 条规定：“造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或者个人赔偿损失。赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门处理；当事人对处理决定不服的，可以向人民法院起诉。”我国绝大多数环境纠纷是依据本条所指的行政调解来处理的，很少有人对这种方式产生质疑。实践中，这一解决方式的存在我国有着很深的文化根基以及制度上的合理价值，但因环境纠纷双方地位的严重不均衡以及实施过程的政府寻租行为等使行政调解在环境纠纷解决中的应用受到一定限制。本文对其在环境纠纷中的运用进行分析的基础上，认为环境行政调解有其存在的不可动摇的合理根基，可以通过将NGO 等组织纳入调解主体范围、设立专门的调解投诉机构以及适当的调解协议纠纷的司法解决程序等手段克服其局限性，使其在环境纠纷的解决中发挥应有的诉外效果。