利用L43正交设计对影响南瓜SRAP反应体系的MgCl2浓度、dNTPs浓度、Taq酶含量、引物浓度、模板DNA浓度5个因素进行了筛选，快速得到稳定性和重复性好的南瓜SRAP扩增体系。另外对复性温度、PCR循环次数等影响南瓜SRAP扩增结果的重要因素进行了优化。最终优化的南瓜SRAP反应体系为25μL反应液中：10×buffer2.5μL,0.2mmol/L dNTPs，引物0.2μmol/L，1.5mmol/L MgCl2，DNA模板6ng/μL，Taq酶1.5U。本研究最终确立的PCR反应程序为：94℃预变性5 min，然后按94℃变性40 s，35℃退火40 s，72℃延伸90s，进行5个循环，94℃变性40 s，50℃退火40 s，72℃延伸90 s，进行32个循环，最后72℃延伸5min。在此条件下得到的SRAP标记可为印度南瓜遗传多样性、分子标记及辅助育种等研究提供稳定有效的手段。