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苜蓿根腐病是苜蓿种植过程中最常见的一种病害。由于引起该病害的病原较为复杂,因此,明确不同生态环境下苜蓿根腐病的病原种类、确定优势种,对于根腐病的防治非常重要。本研究利用柯赫氏法则对采自内蒙古3个不同地点苜蓿田中疑似根腐病的病样进行了分离和鉴定,结果表明兴安盟科右中旗的病样上分离鉴定的根腐病菌为XAM-1 (Fusarium equiseti)、XAM-2 (F.acuminatum)和XAM-4 (F.thapsinum);中国农业科学院草原研究所试验基地的根腐病的致病菌为CYS1-1 (Fusarium equiseti)、CYS1-2 (F.incarnatum)、CYS1-3(F.oxysporum)、CYS-2 (Boeremia exigua)和CYS-4 (Alternaria alternate);达拉特旗地块中病样上分离到的致病菌有MX-1 (F.tricinctum)和MX-2 (F.equiseti)两种。室内对32个苜蓿品种的抗根腐病水平进行了评价,结果表明人工接种MX-1 (F.tricinctum)和MX-2 (F.equiseti)后,品种康赛的的病情指数分别为26.07和26.81,表现出最高的抗性水平;其次为大银河品种,接种后病情指数分别为26.67和29.56;而品种肇东高感苜蓿根腐病,接种后病情指数分别为56.89和66.44。部分苜蓿品种抗性水平差异显著,本研究中未发现免疫品种。