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孕产妇妊娠生产过程充满艰辛，产妇及其家属对新生儿的出生充满期待。但如果发现新生儿有生理缺陷，会给产妇及其家庭带来沉重的心理打击。一旦新生儿患有先夭缺陷，产妇及其家属多会将责任归结为接生医疗机构的过错，引发医疗纠纷。以往出生缺陷的医疗纠纷按照医疗事故处理，往往鉴定结果不属于医疗事故。《侵权责任法》实施以后，患方更倾向于寻求司法鉴定机构鉴定医疗过错。出生缺陷的成因比较复杂，这类医疗纠纷给鉴定司法鉴定机构带来新的挑战。本文通过对本鉴定机构中心受理的两件出生缺陷医疗纠纷案例的分析，阐述了该类案件司法鉴定的注意事项：明确委托鉴定要求、明确因果关系、准确界定医疗机构的过错。并提出出生缺陷的鉴定案件往往比较复杂，只有坚持科学性，才能保证鉴定的公正性。