我国传统面食发酵剂,酸面团,是酵母菌、乳酸菌、霉菌等多菌种组成的混合发酵体系,其中乳酸菌是酸面团中的主要菌群,对发酵面制品的风味及品质起着重要的作用。已通过分离培养技术、PCR-DGGE技术及高通量测序技术,对我国不同地区的传统酸面团进行细菌多样性的研究,结果表明旧金山乳杆菌为酸面团中优势菌种。本研究将以不同地区酸面团中分离的98株旧金山乳杆菌,采用RAPD(随机扩增多样性DNA)技术与MLST(多位点序列分型)技术,对98株菌的基因多态性进行深入解析,以期阐明同一菌属的不同菌株差异特性的本质,也为开发传统发酵食品中乳酸菌资源奠定基础。研究结果显示:RAPD技术将98株旧金山乳杆菌分为六大类,其中Cluster 2型菌为优势基因型,其次为Cluster1,Cluster4,而Cluster3,Cluster5,Cluster6相对较少。MLST技术,以gdh:6-磷酸葡萄糖脱氢酶,gyr A(DNA旋转酶A亚基),nox(NADH氧化酶),map A(麦芽糖磷酸化酶),pta(磷酸转乙酰酶)和pgm A(葡萄糖磷酸变位酶),六类管家基因和一株参考菌株为基础,将这98株菌分成了10个ST型,其中ST2、ST3为优势基因型菌株,来自同一酸面团样品的ST4和ST5,ST8和ST9,亲缘关系却较远,而亲缘关系较近的ST2、ST3、ST5、ST6、ST7和ST9型菌株,却来自不同酸面团,可能差异基因型菌株与菌株的样品来源相关性较小。