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妊娠是子宫内膜异位症最好的治疗。术后1～2年内自然妊娠率约50％。卵巢子宫内膜异位囊肿的手术有可能降低卵巢储备功能，所以术前必须评估卵巢储备功能和配偶的生育能力。综合患者的病情和年龄等，选择手术或辅助生殖技术助孕。如果存在盆腔痛，输卵管积水，大的卵巢巧克力囊肿(性质不清)，在辅助生殖技术前应该手术。如果促超排卵，疼痛可能加重。输卵管积水明显降低辅助生殖技术成功率。卵巢囊肿性质不清时务必手术探查明确诊断。