作为全球导航定位系统维持时间尺度重要的星上载荷,星载原子钟的性能对整个导航系统的性能产生重要的影响.介绍了星载原子钟常用的三个指标定义以及计算方法,采用4年GBM的精密钟差数据逐月分析了GPS、BDS两个系统星载原子钟的准确度、天漂移率、天稳定度,分析了不同平滑时间段内卫星原子钟稳定度性能.除此之外,验证了不同方法对原子钟稳定度评估的影响.结果表明:BDS导航系统星载原子钟频率准确度达到E-11量级,天漂移率和天稳定度均达到E-14量级,MEO卫星钟各项性能优于GEO和IGSO卫星钟,BDS卫星钟各项性能逐年在提高.GPS导航系统星载原子钟频率准确度达到E-12量级,天漂移率和天稳定度在E-14量级,GPS Block IIF卫星钟的天漂移率明显比其他类型卫星钟差一个量级,频率准确度和频率稳定度性能指标与其他类型卫星钟基本相当.